De ruïnehagedis lijkt sterk op de nauwverwante, in Nederland inheemse muurhagedis (Podarcis muralis). Autochtone muurhagedissen zijn echter nooit groen, wat ruïnehagedissen meestal wel zijn. De ruïnehagedis kan ook wat groter worden dan de muurhagedis. Kop-romplengtes van 9 cm en totaallengtes van 26 cm kunnen worden behaald. De inheemse muurhagedis blijft doorgaans wat kleiner met kop-romplengtes van 5-7 cm en een totale lengte van 19 cm. Muurhagedissen komen in Nederland van nature alleen voor in Maastricht, westelijk van de Maas. Op alle andere locaties met muurhagedissen in Nederland, betreft het introducties. Afhankelijk van de ondersoort en herkomst, kunnen deze dieren groter zijn dan de autochtone muurhagedissen van Maastricht. Ze bereiken dan afmetingen die meer overeenkomen met die van de ruïnehagedis. .
De rugtekening van ruïnehagedissen is zeer variabel. De basiskleuren van de kop, rug en flanken zijn doorgaans groen en bruin, met een zwart strepen- of stippenpatroon. De ondersoort P. s. siculus heeft doorgaans een stippen- tot netvormig patroon en deze heeft daardoor veel weg van P. muralis nigriventris. Deze ondersoort van de muurhagedis is op enkele locaties in Nederland geïntroduceerd. Ze is van P. s. siculus te onderscheiden door het zeer uitgesproken zwarte patroon. De ondersoort P. s. campestris kent een strepenpatroon op de rug. Patroonloze dieren zijn eveneens bekend. De buik en keel van ruïnehagedissen is doorgaans ongevlekt met een witte tot groenachtige kleur. Soms kan de buik rood tot oranje zijn. Muurhagedissen hebben een witte, gele tot rode buik, vaak met zwarte stippen verspreid over buik en keel. De oogkleur van ruïnehagedissen is donkergeel tot bruin. De oogkleur van de muurhagedis is meer oranje tot koperachtig.
De ruïnehagedis is op afstand ook wel te verwarren met zandhagedis (met name adulten) en levendbarende hagedis (met name juvenielen). Op korte afstand vallen de krachtige poten en lange tenen echter op. De ruïnehagedis heeft, net als de muurhagedis, een niet-getande, gladde achterrand van de halskraag. Zandhagedis en levendbarende hagedis hebben een enigszins getande halskraag. De schubben van ruïnehagedis en muurhagedis zijn niet tot licht gekield, terwijl die van zandhagedis en levendbarende hagedis duidelijk gekield zijn.